Née dans la région du Darfour d’une famille musulmane de cultivateurs aisés, elle fut enlevée à l’âge de neuf ans par des trafiquants d’esclaves. Ce traumatisme lui fit oublier son prénom : le nom de Bakhita (« chanceuse » en arabe) lui fut alors attribué.
Elle connaît alors les misères et les souffrances de l’esclavage, les sévices dont elle gardera des cicatrices toute sa vie.

En 1883, le consul d’Italie à Khartoum l’acheta, avant de l’emmener en Italie l’année suivante. Il l’offrira au commerçant Augusto Michieli et à sa famille. Elle deviendra la nounou de leur fille Alice et se rendit compte qu’elle ne retournera plus en Afrique : « Je dis alors dans mon cœur un adieu définitif à l’Afrique », raconte-t-elle dans son journal.

Elle fait la connaissance d’Illuminato Checchini, l’administrateur des biens des Michieli. Agent d’un cardinal italien, il devient son protecteur spirituel, une figure paternelle qui la pousse à embrasser la foi chrétienne.

Elle décide de suivre sa voix et c’est à l’issue d’un retentissant procés qui l’oppose à Maria Michelli, qu’elle est affranchie en 1889. En Italie, l’esclavage n’existe pas… À 20 ans, Bakhita est donc libre.

Elle souhaita devenir nonne et entra en noviciat en 1896. Elle devint ainsi Sœur Joséphine.
Elle fait preuve d’une dévotion, d’un courage et d’une opiniâtreté infaillibles, portée par une farouche volonté de vivre.

La maladie finit par la rattraper. Elle meurt le 8 février 1947, à 78 ans.
La procession devant sa dépouille, transportée dans une chapelle ardente, dure deux jours. Enterrée au cimetière de Schio, elle est béatifiée le 17 mai 1992. « Bakhita a laissé un message de réconciliation et de pardon évangélique dans un monde si divisé et blessé par la haine et la violence », soutient le pape Jean-Paul II lors de la cérémonie. Il la déclare patronne du Soudan et la canonise en 2000.

De nombreux ouvrages reviennent sur l’histoire de cette incroyable soudanaise devenue Sainte de l’Eglise catholique